นอกจากเกมบอยอัดวานซ์รุ่นปกติแล้ว นินเทนโดยังวางจำหน่ายรุ่นปรับปรุงของเกมบอยอัดวานซ์อีก 2 รุ่น

เกมบอยอัดวานซ์ SP

วางจำหน่ายเดือนมีนาคม ค.ศ. 2003 ชื่อ SP มาจากคำว่า "Special"

สิ่งที่เปลี่ยนแปลงคือเปลี่ยนมาใช้แบตเตอรี่แบบชาร์จได้ และเปลี่ยนดีไซน์มาเป็นแบบฝาพับ

เกมบอยไมโคร

วางจำหน่ายเดือนกันยายน ค.ศ. 2005 เป็นเกมบอยขนาดย่อส่วน โดยยังคงคุณสมบัติของเกมบอยอัดวานซ์ไว้อย่างครบถ้วน แต่จะไม่สามารถเล่นตลับเก่าของ เกมบอย และ เกมบอยคัลเลอร์ ได้